Da Wasser mehr Widerstand als Luft bietet, eignet sich die Bewegung im Aquatrainer hervorragend für den Muskelaufbau sowie für die Rehabilitation nach Operationen und für die Behandlung von Gelenk- und Sehnenerkrankungen, Rückenproblemen und Ataxien. Auch Hufrehepatienten profitieren durch Auftrieb und Kühlung des Wassers. Zudem ist die Aquatherapie eine schonende Alternative in der Vorbereitung junger Pferde auf Körungen und Leistungsprüfungen. Sportpferde können vor der Turniersaison schonend trainiert werden und nach der Saison ohne Konditionsverlust und Muskelabbau regenerieren.

Der Aquatrainer ist ein containerähnliches Behältnis mit eingebautem Laufband, dessen Geschwindigkeit individuell reguliert werden kann. Je nach Bedarf, Trainingsstand und Rehaprogramm wird der Aquatrainer mit  unterschiedlichen Wassermengen geflutet. Die Temperatur ist variabel. Nach jedem Patienten wird das Wasser mit Hilfe modernster Schwimmbadtechnik gefiltert und aufbereitet. Das Pferd betritt den Aquatrainer ebenerdig und es ist ihm möglich, den Kopf außerhalb des Wasserbassins zu halten. Der Vorteil besteht in der Vermeidung von störenden Wasserspritzern im Kopfbereich und in der Unterstützung des Pferdes beim Vorwärts-Abwärts-Schreiten und der Aufwölbung des Rückens.

Die Patienten werden bei der Aquatherapie unter ständiger Beobachtung gearbeitet.